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它是12生肖之首,也是日常大家常说的“四害”。但在生命科学范围,小鼠,肯定是值得尊重的生灵。作为生命科学研究中最容易见到的实验动物和模式生物,由于小鼠的贡献,诞生了许很多多可以用于临床的新药和新疗法。
值得欣喜的是,人类对小鼠的研究又近了一步!在西湖大学科学家帮助下,人类历史上首次看清了小鼠基因组DNA全貌。
北京时间2024年12月6日凌晨,《科学》(Science)杂志在线发表了西湖大学生命科学学院、西湖实验室俞晓春团队最新成就“完整的端粒到端粒小鼠参考基因组序列(The complete telomere-to-telomere sequence of a mouse genome)”,报道了该团队在分析小鼠参考基因组方面获得的要紧突破。
俞晓春团队综合了海量三代基因测序技术,开发了一把可以充分挖掘小鼠基因的“金铲子”。他们以最常见的小鼠C57BL/6的单倍体胚胎干细胞(mhaESC)为样本,进行了基因测序和组装,获得了长度为2.77 Gbp(表示十亿个碱基对)的完整的优质小鼠参考基因组序列。
要了解,此前关于小鼠的基因“档案”,一直存在着约7~8%未被分析的地区。此次西湖大学团队获得的基因组序列,就包括215.23 Mbp(表示一百万个碱基对)先前未被鉴别的序列,填补了约7.7%的基因组空白。
据悉,西湖大学生命科学学院科研副院长、西湖实验室科研副主任俞晓春教授长期致力于DNA损伤修复机制和癌症发生进步的研究;简单来讲,就是DNA受损引发的癌症的诊断、测试与治疗。而由于很多生物实验不适合在人体内进行,小鼠的基因组DNA信息也就直接关系到人类健康的探索。
mhaESC基因组与先前参考基因组的共线性比对结果 西湖大学供图
2022年3月31日,《科学》发表文章报道了名为“端粒到端粒网盟”的国际科学团队,完成了第一个完整的、无间隙的人类基因组序列,填补了2003年“人类基因组计划”遗留下的8%尚未读取的基因地区。虽然远在大洋彼岸的中国杭州,但西湖大学团队深受激励,由于他们平时“交际”的小鼠身上,正存在一样的瓶颈。
假如弥补上小鼠这尚缺的7%-8%序列,可能就能发现一些到今天没办法讲解的遗传成人两性疾病的谜底。于是,通过一年多时间,俞晓春实验室通过综合“长读长”第三代测序技术,成功完成了小鼠基因组的端粒到端粒组装,填补了现有参考基因组中的空白地区,揭示了新的基因和结构变异,“拼完”了小鼠基因组图谱的“拼图”。
这类发现不只提升了对小鼠基因组结构和功能的理解,也为基因组学研究提供了要紧的技术参考和数据资源。
但小鼠基因组真容本身,并非俞晓春实验室的最后目的,团队期望借助这把“基因组之铲”探索出遗传性癌症、发育成人两性疾病未解的致病机理,产出更多帮助人类攻克顽疾的成就。
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